Customer Interview

完全ゲノムのこだわりとドラフト解析の使い方

宮崎大学フロンティア科学実験総合センター
林 哲也 センター長

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完全ゲノムのこだわりとドラフト解析の使い方

お客様の声

僕は完全ゲノムっていうものにも、非常にこだわっています。ドラフト配列は簡単に取得できるようになってきていて、コアゲノムの情報は簡単に抽出できるのですけれども、リピート部分とか、似た様なファージが複数あったら、そういった情報についてはドラフトではお手上げなんですよね。例えばO157の中でどこがどう変化するかっていうのは、ドラフトの情報では一部しかわからない。O26で菌株間の比較をしましょうって言ったときに、完全配列がなければリファレンスにならない。だからリファレンスになるべき高精度の完全ゲノムの配列は、絶対必要だと考えているわけなのです。例えば、O157のゲノム上には18種類のプロファージがあるというようなことは、完全ゲノムがないと見えてこない。ところが、ドラフトから完全ゲノムに仕上げる研究チームの数はどんどん減ってるんですよ。なので、逆にうちはそこにこだわろうかなと思っているわけです。

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