DNAとRNAのコンテンツを組み合わせた腫瘍横断型パネルで、シングルチューブのSLIMampワークフローを利用し、ライブラリー調製とターンアラウンドタイムを高速化します。
アッセイ時間
ハンズオンタイム
インプット量
oncoReveal Multi-Cancer with CNV and RNA Fusion Panelは、DNA/RNAマルチがんパネルを組み合わせたパネルです。このアッセイでは、CNV Panelを備えたDNAベースの oncoReveal Multi-Cancer v4とoncoReveal Multi-Cancer RNA Fusion v2 Panelとを組み合わせたジョイントシーケンスを可能にします。このアッセイは、効率的なシングルチューブターゲット濃縮を行うタイル状アンプリコンベースのライブラリー調製手法である独自のStem Loop Inhibition-Mediated Amplification（SLIMamp）テクノロジーを採用しています。
| Assay time | 48 hours sample to report |
|---|---|
| がんの種類 | 汎がん (Pan-cancer), 固形腫瘍 |
| コンテンツ仕様 | 78遺伝子小型汎腫瘍用腫瘍学パネル |
| 説明 | DNAおよびRNAのコンテンツ、シンプルなシングルチューブワークフローを備えた78遺伝子アンプリコンベースのパネル |
| ハンズオンタイム | 約3時間 |
| インプット量 | DNA 5～80 ng、RNA 10～50 ng |
| システム | MiSeqシステム, NextSeq 550システム, 研究（RUO）モードのMiSeqDx システム, NextSeq 550Dx システム研究（RUO）モード, MiSeq i100システム, MiSeq i100 Plusシステム |
| 作用機序 | タイルアンプリコンを使用したマルチプレックスPCR法 |
| 手法 | ターゲットDNAシーケンス, アンプリコンシーケンス, ターゲットRNAシーケンス |
| 核酸の種類 | DNA, RNA |
| Number of amplicons | Pool 1 (DNA): 341 amplicons. Pool 2 (RNA): >80 amplicons plus MET exon 14 skipping |
| 反応数 | 24 DNA/24 RNA |
| オンターゲットリード | 99.5% ± 0.1% |
| 対応サンプルタイプ | 血液, 少量インプットサンプル, FFPE組織 |
| 生物種カテゴリー | ヒト |
| ターゲットインサートサイズ | 平均：120 bp（範囲：86～185 bp） |
| テクノロジー | シーケンス |
| 均一性 | 98.2% ± 0.7% |
| バリアントクラス | 融合遺伝子, 体細胞バリアント, 1塩基変異（SNV）, 挿入 欠失（Indel）, コピー数バリアント（CNV） |
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