TruSight Myeloid Sequencing Panelは、骨髄性悪性腫瘍の体細胞バリアントを同定するために、専門家が定義したコンテンツと実証済みの次世代シーケンス(NGS)テクノロジーを使用しています。
パネルの内容は、血液がん疾患で定評のある専門家のコンソーシアムによってデザインされ、以下の領域で頻繁に変異する遺伝子をターゲットにしています。
TruSight Myeloid Sequencing Panelは、発がん性ホットスポットがカバーされる15の完全遺伝子(エクソンのみ)と39の追加遺伝子を対象とし、骨髄性悪性腫瘍に関与することが知られている主要遺伝子を1回の検査で包括的に評価します。その結果、研究者が液体腫瘍のプロファイルを作成できる、正確で費用対効果の高いソリューションが実現します。
TruSight Myeloidライブラリーは、デスクトップシーケンサーでランし、MiSeq ReporterまたはLocal Run Manager AmpliconワークフローとSomatic Variant Callerでアライメントとバリアントコーリングを実行するのに最適です。その後、BaseSpace Variant Interpreterを使用してフィルタリングとアノテーションを行うことができます。
装置 | 推奨サンプル数 | リード長 |
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MiniSeq System | ランあたりのサンプル数:中出力:2~3、高出力:8(> 500xカバレッジの95%アンプリコンに基づく) | 2 × 150 bp(最大推奨) |
MiSeq System | v3試薬で1ランあたり8サンプル(> 500xカバレッジの95%アンプリコンに基づく) | 2 × 150 bp(最大推奨) |
NextSeq 550 System | ランあたりのサンプル数:中出力:48、高出力:96(> 500xカバレッジの95%アンプリコンに基づく) | 2 × 150 bp(最大推奨) |
TruSight Myeloid Sequencing Panel | AmpliSeq for Illumina Myeloid Panel | AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2 | |
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がんの種類 | 血液学的 | 血液学的 | 固形腫瘍 |
アッセイ時間 | 8時間 | 5.5~7.5時間(時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない) | 5時間(時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない) |
インプット量 | 50 ng | 20 ngの高品質DNA、10 ngの高品質RNA (プールあたり10ngを推奨) |
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コンテンツ仕様 | 骨髄性悪性腫瘍に関連する54の遺伝子をターゲットとする。プローブは、がん抑制遺伝子および変異ホットスポットから568のアンプリコンを増幅する。 | 69の遺伝子(関連する40の主要なDNAターゲット遺伝子、29のRNA融合ドライバー遺伝子、5つの遺伝子発現レベル)にわたるバイオマーカーをターゲットとする | |
ハンズオンタイム | 3時間 | 1.5時間未満 | 1.5時間未満 |
マルチプレックス | 最大96プレックス | 最大96プレックス | 96のデュアルインデックスの組み合わせ |
核酸タイプ | DNA | RNA, DNA | DNA |
生物種カテゴリー | ヒト | ヒト | ヒト |
説明 | 骨髄性悪性腫瘍における体細胞変異検出研究用。 | 骨髄がんに関連する40種のDNA遺伝子、29種のRNA融合ドライバー遺伝子、5種の遺伝子発現レベルを調べるターゲットパネル。 | 50のがん関連遺伝子のホットスポット領域に関する身体解析研究。 |
ABL1 | CEBPA | HRAS | MYD88 | SF3B1 |
ASXL1 | CSF3R | IDH1 | NOTCH1 | SMC1A |
ATRX | CUX1 | IDH2 | NPM1 | SMC3 |
BCOR | DNMT3A | IKZF1 | NRAS | SRSF2 |
BCORL1 | ETV6/TEL | JAK2 | PDGFRA | STAG2 |
BRAF | EZH2 | JAK3 | PHF6 | TET2 |
CALR | FBXW7 | KDM6A | PTEN | TP53 |
CBL | FLT3 | キット | PTPN11 | U2AF1 |
CBLB | GATA1 | KRAS | RAD21 | WT1 |
CBLC | GATA2 | MLL | RUNX1 | ZRSR2 |
CDKN2A | GNAS | MPL | SETBP1 |
TruSight Myeloid Sequencing Panel
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