このシーケンス研究パネルはAML、MDS、MPN、CML、CMML、JMMLなどの骨髄性悪性腫瘍と関連するバリアントをターゲットにします。
アッセイ時間
ハンズオンタイム
インプット量
TruSight Myeloid Sequencing Panelは、専門家が定義したコンテンツと実証済みの次世代シーケンス（NGS）テクノロジーを使用して、骨髄性悪性腫瘍の体細胞変異を同定します。
パネルのコンテンツは、血液がん疾患において著名な専門家のコンソーシアムによって設計され、以下の領域で頻繁に変異する遺伝子をターゲットにしています。
TruSight Myeloid Sequencing Panelは、15の完全遺伝子（エクソンのみ）と、発がん性ホットスポットがカバーされる39の追加遺伝子をカバーし、骨髄性悪性腫瘍に関与することが知られている主要遺伝子を1回の検査で包括的に評価します。その結果、研究者が液体腫瘍のプロファイルを作成できる、正確で費用対効果の高いソリューションが実現します。遺伝子リストは、以下の「図」セクションでご覧ください。
TruSight Myeloidライブラリーは、デスクトップシーケンサーで実行し、MiSeq ReporterまたはLocal Run Manager AmpliconワークフローとSomatic Variant Callerでアライメントとバリアントコーリングを実行するのに最適です。その後、バリアント解析ソフトウェアを使用してフィルタリングとアノテーションを実行できます。
| アッセイ時間 | 8時間 |
|---|---|
| Cancer type | Hematologic |
| コンテンツ仕様 | 骨髄性悪性腫瘍に関連する54の遺伝子をターゲットとする。プローブは、がん抑制遺伝子および変異ホットスポットから568のアンプリコンを増幅する。 |
| 説明 | 骨髄性悪性腫瘍における体細胞変異検出研究用。 |
| ハンズオンタイム | 3時間 |
| インプット量 | 50 ng |
| システム | MiSeq Desktop Sequencer, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeqシステム, NextSeq 500 Desktop Sequencer |
| 手法 | Targeted DNA sequencing, Amplicon sequencing |
| マルチプレックス | 最大96プレックス |
| Nucleic acid type | DNA |
| Specialized sample types | Not FFPE-compatible, Not FFPE-compatible |
| Species category | ヒト |
| テクノロジー | イルミナシーケンサー |
| バリアントクラス | Somatic variants, Insertions-deletions (indels) |
各TruSight Myeloidライブラリー調製キット（96サンプル）には以下のアクセサリーキットが必要です。
TruSight Myeloid Sequencing Panel
| 装置 | Recommended number of samples | Read length |
|---|---|---|
| MiniSeq System | Samples per run: mid output: 2-3, high output: 8 (based on 95% amplicons at > 500x coverage) |
2 × 150 bp（推奨最大値） |
| MiSeq System | 8 samples per run with v3 reagents (based on 95% amplicons at > 500x coverage) |
2 × 150 bp（推奨最大値） |
| NextSeq 550 System | Samples per run: mid output: 48, high output: 96 (based on 95% amplicons at > 500x coverage) |
2 × 150 bp（推奨最大値） |
私たちのがん臨床研究ソリューションでは、正確なゲノム情報を提供しており、研究所では複数の遺伝子を1回の試験で解析できます。
PCRアンプリコンのウルトラディープシーケンスにより、目的のゲノム領域を特定した解析が可能です。アンプリコンシーケンスの詳細と包括的なソリューションをご覧ください。
次世代シーケンサー（NGS）ベースのがんシーケンス法は、単一遺伝子およびアレイベースのアプローチと比較して、より短い時間でより多くの情報を提供します。
| TruSight Myeloid Sequencing Panel | AmpliSeq for Illumina Myeloid Panel | AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2 | |||
|---|---|---|---|---|---|
| アッセイ時間 | 8時間 | 5.5～7.5時間（時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない） | 5時間（時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない） | ||
| Cancer type | Hematologic | Hematologic | Pan-cancer, Solid tumor | ||
| コンテンツ仕様 | 骨髄性悪性腫瘍に関連する54の遺伝子をターゲットとする。プローブは、がん抑制遺伝子および変異ホットスポットから568のアンプリコンを増幅する。 | 69の遺伝子（関連する40の主要なDNAターゲット遺伝子、29のRNA融合ドライバー遺伝子、5つの遺伝子発現レベル）にわたるバイオマーカーをターゲットとする | がんとの関連性が確認されている50の遺伝子のホットスポット | ||
| 説明 | 骨髄性悪性腫瘍における体細胞変異検出研究用。 | 骨髄がんに関連する40種のDNA遺伝子、29種のRNA融合ドライバー遺伝子、5種の遺伝子発現レベルを調べるターゲットパネル。 | 50のがん関連遺伝子のホットスポット領域に関する身体解析研究。 | ||
| ハンズオンタイム | 3時間 | <1.5時間 | <1.5時間 | ||
| インプット量 | 50 ng |
20 ngの高品質DNA、10 ngの高品質RNA （プールあたり10ngを推奨） |
1～100 ng、プールあたり10 ngを推奨 | ||
| システム | MiSeq Desktop Sequencer, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeqシステム, NextSeq 500 Desktop Sequencer | MiSeq Desktop Sequencer, MiniSeqシステム | MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeqシステム | ||
| 手法 | Targeted DNA sequencing, Amplicon sequencing | Targeted DNA sequencing, Amplicon sequencing, Targeted RNA sequencing | Targeted DNA sequencing, Amplicon sequencing | ||
| マルチプレックス | 最大96プレックス | 最大96プレックス | 96のデュアルインデックスの組み合わせ | ||
| Nucleic acid type | DNA | DNA, RNA | DNA | ||
| Specialized sample types | Not FFPE-compatible, Not FFPE-compatible | Blood, Not FFPE-compatible, Bone marrow | FFPE tissue | ||
| Species category | ヒト | ヒト | ヒト | ||
| テクノロジー | イルミナシーケンサー | イルミナシーケンサー | イルミナシーケンサー | ||
| バリアントクラス | Somatic variants, Insertions-deletions (indels) | Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Somatic variants, Insertions-deletions (indels) | Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Somatic variants, Insertions-deletions (indels) |
| ABL1 | CEBPA | HRAS | MYD88 | SF3B1 |
| ASXL1 | CSF3R | IDH1 | NOTCH1 | SMC1A |
| ATRX | CUX1 | IDH2 | NPM1 | SMC3 |
| BCOR | DNMT3A | IKZF1 | NRAS | SRSF2 |
| BCORL1 | ETV6/TEL | JAK2 | PDGFRA | STAG2 |
| BRAF | EZH2 | JAK3 | PHF6 | TET2 |
| CALR | FBXW7 | KDM6A | PTEN | TP53 |
| CBL | FLT3 | KIT | PTPN11 | U2AF1 |
| CBLB | GATA1 | KRAS | RAD21 | WT1 |
| CBLC | GATA2 | MLL | RUNX1 | ZRSR2 |
| CDKN2A | GNAS | MPL | SETBP1 |
TruSight Myeloid Sequencing Panel (96 samples)
FC-130-1010
TruSeq Custom Ampliconベースのライブラリー調製試薬は、骨髄性悪性腫瘍に関連する54の遺伝子（完全遺伝子またはターゲット領域）に対応します。ライブラリー調製試薬と、96サンプルに十分なTruSight Myeloidオリゴが含まれています。
List Price:
Discounts:
TruSeq Custom Amplicon Index Kit (96 indexes, 384 samples)
FC-130-1003
各TruSeq Custom Amplicon Index Kitには、最大384のサンプル調製用の96の固有インデックスが含まれています。
List Price:
Discounts:
TruSeq Custom Amplicon Filter Plate (1 plate)
FC-130-1006
TruSeq Custom Ampliconアッセイ用の交換用フィルタープレートが1枚付属しています。
List Price:
Discounts:
TruSeq Index Plate Fixture & Collar Kit (2 each)
FC-130-1007
PCR増幅ステップ用のインデックスプライマーの正しい配置を支援します。TruSeqインデックスプレートフィクスチャー（2個）とプレートカラー（2個）が含まれます。
List Price:
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製品名
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単価
進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。
以前のバージョンと比較して、クラスター密度とリード長が増加し、シーケンスのクオリティスコアが改善、最適化された試薬キット。
すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ（TMB、MSIおよびHRD）をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。
幅広いシーケンス アプリケーションに対応するライブラリを準備するための、高速で統合されたワークフロー。
低DNAインプット要件で、小規模ゲノム、PCR アンプリコン、プラスミド、cDNA シーケンス用のDNAライブラリーを調整するための90分のワークフローを提供します。
Reagent v2.5 Kitは、初期の蛍光強度を維持する耐久性のあるフローセルを使用しており、以前のバージョンと比較して安定性と性能が向上しています。
最大1200の関心ゲノムターゲットのシーケンスに最適化されたターゲット化されたカスタムRNA研究パネル。
シーケンス固有のターゲットまたは興味のあるゲノムコンテンツにに最適化されたターゲットカスタムリサーチパネル。
広範囲のがん型との関連が判明している161種のバリアントを調べるためのターゲットDNA／RNA研究パネル。
小児および若年成人のがんに関連する203の遺伝子を調べるためのターゲットパネル。
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