Beckのハイブリッドがラボワークフローを最適化
強化されたサンプル追跡と合理化されたスループットにより、効率が向上します。
はじめに
Beck’s Hybridsは1937年に設立され、米国最大の家族経営の小売種子会社で、中西部と近隣地域の農家にサービスを提供しています。農業とハイブリッド開発における100年以上の歴史を持つBeck’sは、農家が農作物の品質と収量を向上させるために、農家が農作物に関連する未知の未知のものの一部を制御できるよう支援しています。ブリーダーと連携して、二倍体テクノロジーとゲノムワイドな選択を使用して、望ましい形質を組み込んでいます。他のシード企業とは異なり、Beckは、同社の特徴となっている農家間サービスを欠く大企業への販売に抵抗してきました。比較的小さな組織として、Beck’sは創造的にそのリソースを使用します。最近では研究業務を強化し、ラボマネージャーを雇い、BaseSpace Clarity Laboratory Information System（LIMS）を使用してラボワークフローを最適化し始めました。
Jenni Tallerは、インディアナ州アトランタに本社を置くBeck’s Hybridsのラボマネージャーです。
陸地にたどり着く
新たに採用されたラボマネージャーのJenni Tallerは、1つの部門に所属しており、迅速に作業する必要がありました。彼女はラボを組織し、サンプル量の大幅な増加に備える必要がありました。Tallerは、“美的”と呼ぶスプレッドシートのシステムを構築しましたが、すぐに検索不能になりました。また、スプレッドシートによるワークフローに追いつくことができないほどの情報も進化していました。Tallerは、さまざまなフォーマットでブリーダーからサンプル情報を受け取ったことを覚えており、スプレッドシートと一貫性を持たせるためにデータを再フォーマットする必要があります。しばらくすると、コンピューターの前で過ごす時間が長すぎました。彼女は、LIMSを買収することが、限られたリソースでしか管理できないラボを組織する最善の方法であることに気づきました。
LIMS購入の指針として、Beckのラボチームは要件のリストを作成しました。どのようなLIMSを選んだ場合でも、サンプルを追跡し、材料比較のために良好な記録を維持する必要があります。Beckのランはリーンであるため、管理、カスタマイズ、メンテナンスも簡単でなくてはなりませんでした。Tallerもペーパーレスにしたいと考えていました。"木を殺すのは好きではありません！”Tallerを強調しました。これらの重要な要件に加えて、Beckが購入したシステムも手頃な価格でなければなりませんでした。最終的にはBaseSpace Clarity LIMSを選びました。
BaseSpace Clarity LIMSにより、Beckの小規模研究ラボは、最高品質のフィールドパフォーマンスとサービスで農家に良い影響を与えることができます。
成功のための種子の植え付け
Beck’sでは、主にトウモロコシ、大豆、小麦、アルファルファ、作物の収穫など、栽培の季節に時間を割いています。生産が停止すると、季節が拡大する可能性があります。そのため、BaseSpace Clarity LIMSは迅速に稼働する必要がありました。
BaseSpace Clarity LIMSの標準実装には、システムの実装を担当する専任チームが含まれます。Field Application Specialist（FAS）はこのチームの重要なメンバーです。BaseSpace Clarity LIMSが実装される前でも、FASはTallerと会い、チームのワークフローと要件を理解しました。実装の時期が来たとき、FASはTallerが初期ワークフローをセットアップするのを支援しました。トレーニングはすぐに行われ、Tallerによると、2週間で稼働していました。
課題の解決
Beckの歩みには課題がなかったわけではありませんが、BaseSpace Clarity LIMSはその課題に対処するのに役立っています。導入後すぐに、ラボの一次アッセイキットはサプライヤーによって中止されました。ベックはブリーダーに連絡を取り、ニュースを伝えました。総合的に、廃棄されたサンプルキットを、サンプルに関するさらに多くの情報を得て、サンプルスループットを向上させる機会として使用することを決定しました。数日以内に、BeckはIllumina Infinium ® Maize LD BeadChipを使用することにしました。BaseSpace Clarity LIMSは、Infiniumを含む40を超える事前構成ワークフローで標準化されています。新しいサンプルがまもなくBeckの手前になるため、チームはすぐにBaseSpace Clarity LIMSに新しいワークフローを構築し、1週間で稼働しました。
強力な未来を育む
来年、Beckはサンプルのスループットを3倍にすることを計画しており、より多くのサンプルを効率的に処理して、農家の顧客のために貴重な遺伝子型データを生成することを楽しみにしています。Beckは、BaseSpace Clarity LIMSとイルミナから受けるサポートのレベルにスムーズに拡張できる能力の多くを特色としています。
サンプル処理量の大幅な増加に対応するため、Beckはラボスタッフを追加雇用しました。Beckのラボチームによると、BaseSpace Clarity LIMSワークフローとサンプル管理により、トレーニングプロセスが簡素化されました。
BaseSpace Clarity LIMSがBeckのHybridsでどのように違いをもたらしているか：
優れたサンプル追跡
Tallerによると、彼女はオペレーションインターフェースに生きています。サンプル#12,003がランされたかどうか尋ねられた場合、彼女はBaseSpace Clarity LIMSでサンプルを迅速にプルアップし、いつ誰が処理したかなど、サンプルが取得から結果までどうなったかの履歴を見ることができます。サンプルを追跡する能力は、Tallerのペーパーレス化にも役立ちました。
手頃な価格のLIMSソリューション
Beckの主な要件の1つは、手頃な価格のLIMSソリューションを取得することでした。BaseSpace Clarity LIMSはこの要件を満たしています。
設定、拡張、管理が簡単
Taller氏によると、彼女は“ブラックスクリーンでコードを書く方法を学ぶ”ことに興味がなく、BaseSpace Clarity LIMSではそうする必要はありませんでした。設定が簡単なインターフェースにより、認定ラボの担当者がソフトウェアプログラミングの知識を必要とせずにワークフローを変更することができます。イルミナのサポートチームの協力を得て、Beckはアプリケーションプログラミングインターフェース（API）を使用してシステムを拡張しました。
強力なサポート
実装前から日常の使用まで、その間のあらゆる状況でイルミナのサポートチームがお手伝いします。BaseSpace Clarity LIMSを使用する際、Tallerは“Beckは、私たちが直面している問題や課題を解決できるイルミナの電話を1回しか受けていない”と感じています。
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Infinium MaizeLDキットは製造中止となりました。イルミナのカスタムソリューションについては、営業担当者にお問い合わせください。