遺伝子検査ラボを拡張して数千サンプルのジェノタイピングに対応

はじめに

GPBioは、Infinium Global Screening Array（GSA）の開発に参加する12機関からなる全世界でのコンソーシアムメンバーのアジアからの唯一の企業でした。GSAをジェノタイピングプラットフォームとして、GPBioは中国の大手病院、研究機関、大学向けに検査サービスを提供しています。ほんの2年足らずで、GPBioは500 m²のラボスペースを上回るほどの成長を遂げました。

検査数がさらに増加することを見通して、GPBioの経営陣は5000 m²の施設に移る計画に着手しました。その中で彼らは、拡張性の高いジェノタイピング能力を構築するには、単に大きなビルを構えるだけでは不十分であるという認識を持つに至りました。将来の検査サービス需要に応えるため、どのようにラボのスループットを向上し、効率的なジェノタイピングワークフローを構築し、サンプルを効率よく管理すれば良いか、その手法に関する経験に富んだガイダンスこそ、チームに必要とされるものでした。

そこでGPBioは、イルミナのArrayLabコンサルティングサービスと協力し、ラボの立ち上げと稼働を最大化する計画を立てました。人員およびリソースの要件の決定に加え、拡張性の高いハイスループットジェノタイピングラボを維持するため、より効率的なサンプルワークフローを導入し、データレポート手順を最適化しました。

iCommunityは今回、ラボプランニング、開発プロセス、そしてArrayLabコンサルティングサービスとの協業を通じてGPBioがどのような恩恵を得ることができたかについて、GPBioの事業担当副社長のYuqing Zhang氏にお話を伺いました。

GPBioは中国の大手病院、研究機関、大学向けに遺伝子検査サービスを提供しています。

質問：GPBioはどのようなサービスを提供し、どのようなお客様をお持ちですか？

Yuqing Zhang（YZ）：GPBioは2016年に設立され、中国の病院、研究施設に遺伝子検査サービスを提供しています。マイクロアレイ、シーケンスといった先端テクノロジーに基づく遺伝子検査を提供し、また最大規模のヒトゲノムデータベースを構築しています。GPBioのお客様には、中国科学院の他、復旦大学とその付属機関である華山医院、上海眼耳鼻咽喉科病院などがあります。

質問：GPBioに入社されたのはいつですか？

YZ：私は、2017年4月に事業担当副社長としてGPBioに入社しました。マイクロアレイベースのジェノタイピングテクノロジーについてはよく知っていました。GPBioが小さなラボからその10倍の規模のラボに成長している最中に入社したのです。

質問：新しいラボ施設の立ち上げ支援としてArrayLabコンサルティングサービスをお選びになったのはなぜですか？

YZ：より大型のラボに移行するにはいくつかの課題がありました。特に大量サンプルを処理できる効率的なワークフローの構築などです。ラボに届いたサンプルの処理方法についてサポートが必要でした。また、ロボットをワークフローに取り入れてサンプル調製を行いたいとも考えていました。これらの要素をどのようにして新しいラボに統合するかが問題でした。

「ArrayLabコンサルティングチームが新しいジェノタイピング施設のプランニングを行ってくれたので、私たちの仕事が楽になりました。おかげで既存施設の日常業務に注力できました。」

質問：ラボを立ち上げるとき、ArrayLabコンサルティングサービスからどのようなガイダンスを得られましたか？

YZ：ラボのビルが完成したとき、ArrayLabコンサルティングチームは室内寸法を測定してレイアウト案を策定し、それを私たちに提示しました。私たちがラボの構築に取り掛かかるときにチームが戻ってきて、

数週間にわたって私たちの質問に答え、効率的なラボスペースの使用方法や在庫管理をうまく最適化する方法を指導してくれました。サンプルのスループット向上のため、Tecan自動分注機を用いたサンプルワークフローの自動化も勧められました。また、効率化したワークフローに装置を組み入れる際にも支援してもらいましたし、データレポートを効率的に行う方法も指導してもらいました。

質問：ArrayLabコンサルティングサービスと提携することでどのようなメリットがありましたか？

YZ：すぐにラボを立ち上げ、稼働を開始することができました。ArrayLabコンサルティングチームが新しいジェノタイピング施設のプランニングを行ってくれたので、私たちの仕事が楽になりました。おかげで既存施設の日常業務に注力できました。

イルミナが、アレイを利用する顧客向けに、ジェノタイピングラボを立ち上げて効率的にラボを稼働できるようにコンサルティングサービスを提供していることは素晴らしいことだと思います。2017年第3四半期にラボが完成するまでの全期間を通じて、チームからの指導は大いに役立ちました。

質問：GPBioでは、どのような種類の検査を提供していますか？

YZ：新生児スクリーニング、小児疾患および代謝異常のリスク検査、ならびに成人向けの心疾患、がん、薬物反応、代謝疾患、アレルギーおよび健康管理の検査を提供しています。現在、こうした検査のすべてにGSAを利用しています。

質問：GSAの性能はいかがでしょうか？

YZ：GSAのコールレートやデータ品質にはとても満足しています。お客様からも、私たちのジェノタイピングデータはご好評をいただいております。

「ArrayLabコンサルティングチームと協力して、ラボのスループットを1000サンプル/週以上に向上させるべくさまざまなシナリオを評価しています。」

質問：1週間にどのくらいサンプルを処理しますか？

YZ：1週間に1000サンプルを処理しており、これらの納期は1週間です。

質問：今年のスループットの目標はどのくらいですか？

YZ：現在のラボの構成では最大1000サンプル/週に対応できるので、今年はその数値を達成できる見込みです。サンプルを処理しランを実施するのに、iScanシステム1台、Tecan 1台の他、専門のチームを備えています。

質問：GPBioがお客様にサービスを提供していく上で、次のステップはどのようなことですか？

YZ：ArrayLabコンサルティングチームと協力して、ラボのスループットを1000サンプル/週以上に向上させるべくさまざまなシナリオを評価しています。2018年末までに100,000サンプルの処理を達成したいと考えています。

Asian Screening Array（ASA）の開発に関し、イルミナと密接に協力しており、今はこれに切り替えている途中です。ArrayLabコンサルティングチームの支援のもと、検査ニーズを満たすべくカスタマイズされたASAチップの開発を進めています。これらによるサービスをご提供できることを楽しみにしています。