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TruSeq Stranded Total RNA with Ribo-Zero Globin

リボソームRNAとグロビンmRNAを1ステップで除去する効率的なワークフローで、血液由来RNAから全トランスクリプトームシーケンスライブラリーを調製します。

11.5時間

アッセイ時間

5.5時間

ハンズオンタイム

0.1～1 ug血液由来高品質精製トータルRNA

インプット量

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概要

TruSeq Stranded Total RNA with Ribo-Zero Globinは、血液由来のトータルRNAからのトランスクリプトームの明確かつ包括的観察、高速かつ効率的なシーケンスライブラリー調製が可能になります。

主な特長

  • 均一なカバレッジとストランド配向の正確な測定

  • 代替転写産物、アンチセンス発現、およびアレル特異的発現を高い信頼度で発見

  • コーディングRNAと複数形態のノンコーディングRNAの両方にわたる解析からの発見

精確なストランド情報による高品質全トランスクリプトーム解析

これらのキットは、ヒト、マウス、またはラットサンプルの全トランスクリプトーム解析のためのRNAシーケンス（RNA-Seq）テクノロジーとRibo-ZeroリボソームRNA削減ケミストリーの利点を結び付けています。 

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リボソームRNAとグロビンmRNAをワンステップで効率的に除去

血液由来RNAの全トランスクリプトーム解析では、全血に高濃度で存在するリボソームRNA（細胞質とミトコンドリアの両方）とグロビンmRNAの2種類の大量のRNAの除去が必要です。

従来の除去方法では2つの個別のステップが必要です。つまり、追加の試薬が必要なうえワークフローが長くなり、より多くのインプットRNAが失われてしまいます。TruSeq Stranded Total RNA with Ribo-Zero Globinは、Ribo-Zeroケミストリーを活用して、簡単なワンステップで大量に存在する両形態のRNAを効率的に除去します。

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仕様

アッセイ時間 11.5時間
Automation capability Liquid handling robot(s)
コンテンツ仕様 コーディングRNAと複数のノンコーディングRNA形態をキャプチャー
説明 血液由来RNAの全トランスクリプトームシーケンシング研究用。細胞質およびミトコンドリアのrRNAおよびグロビンmRNAを除去します。
ハンズオンタイム 5.5時間
インプット量 0.1～1 ug血液由来高品質精製トータルRNA
システム NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NovaSeq X System, NextSeq 500 Desktop Sequencer, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System
作用機序 ビーズベースのrRNA除去、cDNA合成、PCR
手法 Whole-transcriptome sequencing
マルチプレックス ハイスループットキット：コンビナトリアルデュアルインデックスまたはユニークデュアルインデックスのいずれかを使用して、96個のインデックスサンプルを調製, ロースループットキット：最大12のサンプルをプールします。または、セットAとセットBを併せて最大24のサンプルをプールします。
Nucleic acid type RNA
Specialized sample types Blood
Species category マウス, ヒト, ラット
生物種詳細 rRNAの除去：ヒト、マウス、およびラットのrRNA（細胞質およびミトコンドリア）およびグロビンmRNAを除去
テクノロジー イルミナシーケンサー
バリアントクラス Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Novel transcripts, Transcript variants

必要な製品

イルミナは、お客様のワークフローを柔軟にするモジュラー式の注文製品方式を採用しています。以下のインデックスを含んだライブラリー調製製品を注文することができます。

/ 件

アプリケーション

ワークフローの例

1
ライブラリー調製

TruSeq Stranded Total RNA with Ribo-Zero Globin

2
シーケンス
3
解析

プロジェクトの推奨事項

装置 Recommended number of samples Read length
NextSeq 550 System

RNA Profiling: 6-20 samples per run (based on 20 million reads per sample)
Transcriptome Analysis: 2-8 samples per run (based on 50 million reads per sample)

2 x 75 bp
2 x 75 bp
NovaSeq 6000 System

RNA Profiling (samples per run, dual flow cell): S1: 160, S2: 320, S4: 768. Limited by index combinations (dual). Based on 20 million reads.
Transcriptome Analysis (samples per run, dual flow cell): S1: 64, S2: 128, S4: 400. Limited by index combinations (dual). Based on 50 million reads. 

≤ 2 × 100 bp
≤ 2 × 100 bp

関連するアプリケーションとメソッド

トータルRNAシーケンス

コーディングRNAと複数のノンコーディングRNAの両方を解析し、トランスクリプトームを包括的に把握します。

低品質/FFPE RNA-Seq

劣化したFFPE組織やその他の低品質サンプルから高品質の結果を得るFFPE RNAシーケンスソリューションを見つけてください。

RNAシーケンス

RNA-Seqは、次世代シーケンサー（NGS）を使用してトランスクリプトーム全体の発現を解析し、既知または新規の特徴を検出し、RNAを定量化することを可能にします。

ドキュメント

製品資料
Support documentation

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TruSeq Stranded Total RNA with Ribo-Zero Globin Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus or Ribo-Zero Plus Microbiome
アッセイ時間 11.5時間 約7時間
Automation capability Liquid handling robot(s) Liquid handling robot(s)
コンテンツ仕様 コーディングRNAと複数のノンコーディングRNA形態をキャプチャー コーディングRNAと複数のノンコーディングRNA形態をキャプチャー
説明 血液由来RNAの全トランスクリプトームシーケンシング研究用。細胞質およびミトコンドリアのrRNAおよびグロビンmRNAを除去します。 低RNAインプットや低品質サンプルから全トランスクリプトームシーケンシング対応ライブラリーを調製し、幅広いRNA-Seqアプリケーションをサポートします。豊富なトランスクリプトーム解析を容易にするため、複数種からrRNAとグロビンRNAを単一チューブで除去するRibo-Zero Plusが含まれています。 
ハンズオンタイム 5.5時間 <3時間
インプット量 0.1～1 ug血液由来高品質精製トータルRNA 標準品質のRNA検体にはトータルRNA 1～1,000 ng、最適パフォーマンスとFFPE検体にはトータルRNA 10 ng以上を推奨 
システム NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NovaSeq X System, NextSeq 500 Desktop Sequencer, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NovaSeq X System, NextSeq 500 Desktop Sequencer, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System
作用機序 ビーズベースのrRNA除去、cDNA合成、PCR 酵素によるrRNA除去、ライゲーションベースのアダプターおよびインデックスの追加
手法 Whole-transcriptome sequencing Whole-transcriptome sequencing, Metatranscriptome sequencing
マルチプレックス ハイスループットキット：コンビナトリアルデュアルインデックスまたはユニークデュアルインデックスのいずれかを使用して、96個のインデックスサンプルを調製, ロースループットキット：最大12のサンプルをプールします。または、セットAとセットBを併せて最大24のサンプルをプールします。 最大384のユニークデュアルインデックス
Nucleic acid type RNA RNA
Specialized sample types Blood Microbiome samples, Low-input samples, FFPE tissue
Species category マウス, ヒト, ラット マウス, ヒト, ラット, Bacteria
生物種詳細 rRNAの除去：ヒト、マウス、およびラットのrRNA（細胞質およびミトコンドリア）およびグロビンmRNAを除去 Ribo-Zero Plusは、ヒト細胞質およびミトコンドリアrRNA・マウスrRNA・ラットrRNA・細菌（大腸菌および枯草菌）rRNA・ヒトβグロビン転写産物を含む複数種から豊富な転写産物を除去します  Ribo-Zero Plus Microbiomeは、Ribo-Zero Plusが除去した転写産物だけでなく、多様な微生物種、ATCC MSA-2002、MSA-2005、MSA-2006を含む複数種から豊富な転写産物を除去します 
テクノロジー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー
バリアントクラス Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Novel transcripts, Transcript variants Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Novel transcripts, Transcript variants

図

テクニカルリプリケート

FFPE組織のテクニカルリプリケートは高い一致率を示し、堅牢なライブラリー調製性能を示しています。軸はlog2（FPKM）です。R2 値を示す。

トランスクリプト全体で均一なカバレッジ

TruSeq Stranded Total RNAは、新鮮凍結腫瘍（FF、上段）およびFFPE腫瘍（下段）の両方とマッチングした正常乳房組織において、上から1,000個の発現転写産物に優れたカバレッジを提供し、98%を超える配列ストランドリードが達成されます。X軸：転写産物に沿った位置、Y軸 = 混合リードのカバレッジ率。

ライブラリー調製 (2)

TruSeq® Stranded Total RNA Library Prep Globin (48 Samples)

20020612

血液サンプルからrRNAとグロビンmRNAを枯渇させるRiboZeroビーズ、RNAをcDNAに転写するPCRマスターミックス、48サンプル調製用の試薬が含まれます。インデックスアダプターと精製ビーズは別売りです。

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TruSeq® Stranded Total RNA Library Prep Globin (96 Samples)

20020613

血液サンプルからrRNAとグロビンmRNAを枯渇させるRiboZeroビーズ、RNAをcDNAに転写するPCRマスターミックス、48サンプル調製用の試薬が含まれます。インデックスアダプターと精製ビーズは別売りです。

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インデックスアダプター (4)

TruSeq RNA CD Index Plate (96 Indexes, 96 Samples)

20019792

TruSeq Stranded RNA HT Kit 96 Samples Adapter Plate Box

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IDT for Illumina – TruSeq RNA UD Indexes (24 Indexes, 96 Samples)

20020591

TruSeq Stranded mRNAおよびTruSeq Stranded Total RNA Library Prep Kitで使用できる新しいユニークデュアルインデックス（UDI）。UDIキットはプレート形式で提供され、96サンプルに対応する24のUDIが4セット含まれています。

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IDT for Illumina – TruSeq DNA UD Indexes v2 (96 Indexes, 96 Samples)

20040870

96サンプルのラベリングに十分な96個の8 bpのインデックスを含み、TruSeq NanoおよびTruSeq PCR-Free Library Prep Kitと互換性があります。バージョン2には、プレート20022370内の192のインデックスオリゴのうち8つの改善が含まれており、残りの184は変更されていません。ライブラリー調製およびプローブパネルは別売りです。

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IDT for Illumina – TruSeq RNA UD Indexes v2 (96 Indexes, 96 Samples)

20040871

96サンプルにラベルを貼るのに十分な96、8 bpのインデックスを含み、TruSeq Stranded mRNAおよびTruSeq Stranded Total RNA Library Prep Kitと互換性があります。バージョン2には、プレート20022371内の192のインデックスオリゴのうち8つの改善が含まれており、残りの184は変更されていません。ライブラリー調製およびプローブパネルは別売りです。

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NovaSeq Xシリーズの注文

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Illumina RNA Prep with Enrichment

幅広いサンプルタイプとRNAインプット量から、エンリッチメントおよびインデックス配列ライブラリーを生成するための、高速で統合されたワークフロー。

使用制限ラベルライセンス：

TruSeq Stranded Total RNA with Ribo-Zero Globin Workflow製品とその使用は、Max Planck Gesellschaft氏が所有する米国および外国の1つ以上の発行済みおよび/または保留中の特許出願の対象であり、New England Biolabs, Inc.に独占的にライセンスされ、Illumina, Inc.にサブライセンスされています。Illumina, Inc.、その関連会社、またはその認定再販業者および販売業者から本製品を購入すると、購入者（購入者が学術団体であるか営利団体であるかは問わない）には購入した数量の製品および製品の構成品を使用する譲渡不可の権利が付与されます。本製品の購入は、前述の特許または製品の製造を意図する特許出願のいかなる主張に基づくライセンスも譲渡するものではありません。購入者は、本製品またはその構成品を第三者あるいはその他の者に販売または譲渡したり、以下の商業目的で使用することはできません。（1）製品またはその構成品を製造に使用する、または（2）ヒトまたは動物の治療または予防目的で製品またはその構成品を使用する。

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