Illumina DNA Prep with Enrichment

幅広いターゲットシーケンスアプリケーションにシーケンス対応DNAライブラリーを提供する高速な統合ワークフロー。

約6.5時間

アッセイ時間

約2時間

ハンズオンタイム

高品質ゲノムDNA 10~1,000 ng、FFPE DNA 50~1,000 ng (血液および唾液については、リファレンスガイドを参照してください)。

インプット量

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概要

Illumina DNA Prep with Enrichmentは、以前はNextera Flex for Enrichmentと呼ばれていましたが、イルミナのライブラリー調製ポートフォリオにおけるDNAの最も高速で柔軟なターゲットシーケンスソリューションです。

  • わずか6.5時間でライブラリー調製、濃縮、濃縮後の増幅を完了

  • 血液と唾液の統合プロトコールによりライブラリー調製の効率を向上

  • 非常に均一なインサートサイズで一貫したライブラリー収量を得る

迅速で使いやすいワークフロー

内蔵の定量化とライブラリーノーマライゼーションにより、オンビーズタグメンテーションケミストリーと簡素化されたシングルハイブリダイゼーションプロトコールを組み合わせることで、ハンズオンタイムを約2時間まで短縮できます。

サンプルインプットの柔軟性

血液、唾液、ゲノムDNA、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織など、幅広いDNAインプットおよびサンプルタイプと互換性があります。

パフォーマンスの最適化

オンビーズタグメンテーションは、バイアスとエラーの可能性を最小限に抑え、イルミナのすべてのシーケンスシステム全体で高い再現性のあるデータを提供します。


イルミナDNA Prep製品ライン

幅広いアプリケーションで使用できる、高速で最適化されたシーケンスライブラリー調製ソリューションを見つけてください。


仕様


必要な製品

Illumina DNA Prep and Enrichmentキットには、Illumina DNA/RNA UD Indexes Setを使用する必要があります。デュアルインデックスが推奨されます。 

パネルとプローブはオプションです。別途ご注文ください。

Flex Lysis Kitは血液DNA抽出を補完します。

Infinium FFPE QC Kitは、FFPEサンプルの適格性確認に必要です。

Infinium MIDI Heatblock Insertは、SciGene Hybex Microheatingシステムを使用する際に必要です。 

Illumina Free Adapter Blocking Reagent(オプション)は、インデックスホッピングレベルを下げるために使用されます。

Illumina Purification Beadsは、DNAの精製やビーズ/サンプル比に基づくDNA断片のサイズ選択に使用されます。

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アプリケーション

Illumina DNA Prep with Enrichmentは、汎用性が高く、シンプルで高速なライブラリー調製と、幅広いDNAインプットとサンプルタイプからの濃縮を組み合わせ、カスタムパネル、固定パネル、全エクソームパネルを含む幅広いターゲットエンリッチメントアプリケーションをサポートします。

ワークフローの例



プロジェクトの推奨事項

装置 Recommended number of samples Read length
iSeq 100 System

TruSight Cancer: 4 samples per run (based on 280× mean targeted coverage; 99% target coverage at 20×)
TruSight Cardio: 4 samples per run (based on 170× mean targeted coverage; 100% target coverage at 20×)

2 x 100 bp

2 x 100 bp

MiniSeq System

TruSight Cancer (samples per run): mid output: 8, high output: 25 (based on 280× mean targeted coverage; 99% target coverage at 20×)
TruSight Cardio (samples per run): mid output: 8, high output: 25 (based on 170× mean targeted coverage; 100% target coverage at 20×)

2 x 100 bp

2 x 100 bp

MiSeq System

TruSight Cancer (samples per run): v2 reagents: 15, v3 reagents: 25 (based on 280× mean targeted coverage; 99% target coverage at 20×)
TruSight Cardio (samples per run): v2 reagents: 15, v3 reagents: 25 (based on 170× mean targeted coverage; 100% target coverage at 20×)
TruSight One (samples per run): v2 reagents: 1, v3 reagents: 3 (based on 120× mean targeted coverage; 95% target coverage at 20×)

2 x 100 bp

2 x 100 bp

2 x 100 bp(最大2 x 150 bpまで可能)

NextSeq 550 System

Exome (samples per run): mid output: 5, high output: 16 (based on 50× mean targeted coverage; 90% target coverage at 20×)

TruSight One (samples per run): mid output: 12, high output: 36 (based on 120× mean targeted coverage; 95% target coverage at 20×)
TruSight One Expanded (samples per run): mid output: 7, high output: 24 (based on 130× mean targeted coverage; 97% target coverage at 20×)

2 x 100 bp
2 x 100 bp(最大2 x 150 bpまで可能)
2 x 100 bp(最大2 x 150 bpまで可能)

NovaSeq 6000 System

Exome (samples per run, by flow cell type): S1: 128, S2: 164, S4: 400 (based on 50× mean targeted coverage; 90% target coverage at 20×; S4 limited by available indexes)

2 x 100 bp


関連するアプリケーションとメソッド

ドキュメント

製品資料

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選択ツール:

イルミナのオンビーズタグメンテーションケミストリー

eBLTによって媒介される均一なタグメンテーション反応に続く単一のハイブリダイゼーション反応により、迅速かつ柔軟なワークフローが可能になります。

エンリッチメントパネルの互換性

Illumina DNA Prep with Enrichmentは、さまざまなイルミナエンリッチメントパネルと互換性があり、低スループット、中スループット、ハイスループットのシステムでの使用に最適化されています。

高いカバレッジ均一性とパッド入りリードエンリッチメント

Illumina DNA Prep with Enrichmentは、カスタムパネル、固定パネル、エクソームパネルに高いカバレッジ均一性とオンターゲットのパッド入りリードエンリッチメントを提供します。

正確なバリアントコール

Illumina DNA Prep with Enrichmentは、(A、B)細胞株のFFPEコントロールヒトリファレンスDNAサンプルと(C、D)実世界のFFPEサンプルに対して、オルソロガスシーケンスアッセイからの頻度と有意な相関を示すバリアント頻度が観察された、少量の体細胞バリアントコーリングを提供します。

ライブラリー調製 (4)

Illumina® DNA Prep with Enrichment, (S) Tagmentation (96 Samples)

20025524

96ライブラリー(8、12プレックスエンリッチメント反応)を調製および濃縮するための試薬が含まれます。エンリッチメントプローブパネル、イルミナ精製ビーズ、インデックスアダプターは別売りです。

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Illumina® DNA Prep with Enrichment, (S) Tagmentation (16 Samples)

20025523

16のライブラリー(16、1プレックスエンリッチメント反応)を調製および濃縮するための試薬が含まれます。エンリッチメントプローブパネル、イルミナ精製ビーズ、インデックスアダプターは別売りです。

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Illumina® DNA Prep, (S) Tagmentation (96 Samples)

20025520

96ライブラリー調製用の試薬が含まれます。濃縮試薬は含まれていません。エンリッチメントプローブパネル、イルミナ精製ビーズ、インデックスアダプターは別売りです。濃縮試薬は、ライブラリー調製試薬[(Illumina DNA Prep with Enrichment, (S) Tagmentation (96 samples)]でのみ注文が可能です。

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Illumina® DNA Prep, (S) Tagmentation (16 Samples)

20025519

16ライブラリー調製用試薬が入っています。濃縮試薬は含まれていません。エンリッチメントプローブパネル、イルミナ精製ビーズ、インデックスアダプターは別売りです。濃縮試薬は、ライブラリー調製試薬[Illumina DNA Prep with Enrichment, (S) Tagmentation (16 samples)]でのみ注文が可能です。

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パネル (5)

TruSight Cancer – Enrichment Oligos only (4 or 8 Enrichment Reactions)

FC-121-0202

TruSight Cancerは、さまざまながんの素因に関連する94の遺伝子と284のSNPをターゲットとしており、シングルハイブリダイゼーションワークフローによりNextera Flex for Enrichmentと組み合わせた場合は8回の濃縮反応に十分な量、TruSight Rapid Captureと組み合わせた場合は4回の濃縮反応に十分な量が含まれています。別途、ライブラリー調製、濃縮、インデックスアダプター試薬を注文する必要があります。

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TruSight Hereditary Cancer – Enrichment Oligos Only (8 Enrichment Reactions)

20029551

TruSight Hereditary Cancer - Enrichment Oligos Only (8 Enrichment Reactions)

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TruSight One – Enrichment Oligos only (6 Enrichment Reactions)

20029227

Illumina DNA Prep with Enrichment, (S) Tagmentationと組み合わせると、6つのエンリッチメント反応に十分です。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびインデックスアダプターは別売りです。

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TruSight One Expanded – Enrichment Oligos only (6 Enrichment Reactions)

20029226

Illumina DNA Prep with Enrichment, (S) Tagmentationと組み合わせると、6つのエンリッチメント反応に十分です。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびインデックスアダプターは別売りです。

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Illumina Custom Enrichment Panel (8 Enrichment Reactions)

20025371

イルミナDNA Prep with Enrichmentと組み合わせると、8回の濃縮反応に十分です。DesignStudioを使用して、2K~67Kプローブ間のカスタムパネルデザインを可能にします。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびインデックスアダプターは別売りです。

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カスタマイズ

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インデックスアダプター (8)

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091654

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091656

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091658

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091660

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20027213

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20027214

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20042666

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20042667

96サンプルにラベル付けするのに十分な96、10 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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サービス (1)

Illumina DNA Prep with Enrichment Training

20028457

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アクセサリー製品 (7)

Illumina Purification Bead, 100mL

20060057

ライブラリーのクリーンアップとサイズ選択用のビーズ100 mL容器が1個含まれています。ライブラリー調製試薬および濃縮試薬、プローブパネル、インデックスは別売りです。

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Illumina Purification Bead, 400mL

20060058

ライブラリーのクリーンアップとサイズ選択用のビーズ100 mL容器4個が含まれます。ライブラリー調製試薬および濃縮試薬、プローブパネル、インデックスは別売りです。

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Flex Lysis Reagent Kit (96 reactions)

20018706

Illumina DNA PrepおよびIllumina DNA Prep with Enrichmentで血液サンプルを処理するための試薬が含まれます。ライブラリー調製、濃縮、濃縮プローブパネル、およびインデックスアダプター試薬は別売りです。

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Infinium FFPE QC Kit (384 reactions)

WG-321-1001

Infinium FFPE QC Kitは、Nextera Flex for Enrichmentを用いたFFPEサンプルの適格性確認に必要な付属製品です。別途、ライブラリー調製、濃縮、および濃縮プローブパネル、およびインデックスアダプターの試薬を注文する必要があります。

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Infinium MIDI Heatblock Insert

BD-60-601

Nextera Flex for Enrichmentのハイブリダイゼーションステップに必要なSciGene Hybex Microheatingシステム用のヒートブロックインサートです。

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Illumina® Free Adapter Blocking Reagent (12 Reactions)

20024144

この試薬をライブラリー調製時に使用することで、インデックスホッピングレベルが低減されます。

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Illumina® Free Adapter Blocking Reagent (48 Reactions)

20024145

この試薬をライブラリー調製時に使用することで、インデックスホッピングレベルが低減されます。

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選択中の製品一覧

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よくある質問

Illumina DNA Prep with Enrichmentキットは、10~1000 ngまたは50~1000 ng FFPEの高品質の二本鎖ゲノムDNA(gDNA)インプットに対応しています。ヒトgDNAサンプルおよびその他の大規模複雑なゲノムの場合、推奨される最小gDNAインプットは50 ngです。

このキットでは、ビーズベースのトランスポソーム複合体を使用して、アダプターでゲノムDNAを断片化し、タグ付けした後、PCRステップでDNA断片の末端にインデックス化されたアダプターシーケンスを追加します。ライブラリー調製後、ビオチン化オリゴヌクレオチドプローブをハイブリダイズし、Streptavidin Magnetic Beads(SMB)を使用してターゲットライブラリー断片をキャプチャーすることでターゲットが濃縮されます。捕捉されたインデックス付きライブラリーはビーズから溶出され、シーケンス前に増幅されます。

Flex Lysis Reagent KitおよびBlood Lysis Protocol with Illumina DNA Prep with Enrichmentによる凍結血液または凝固血液の使用は、イルミナではサポートされておらず、テストもされていません。

Illumina DNA Prep with EnrichmentのBlood Lysisプロトコールは、K2-EDTA採取チューブ(Becton Dickinson社製)での使用に最適化されています。他の採血管も機能する可能性がありますが、検証されていません。

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NovaSeq Xシリーズの注文

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。

MiSeq Reagent Kit v3

クラスター密度とリード長が向上する最適化された試薬キットで、以前のバージョンと比較してシーケンス品質スコアが向上します。

TruSight Oncology 500

すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ(TMB、MSIおよびHRD)をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。

Illumina DNA Prep

幅広いシーケンスアプリケーションで使用するためのライブラリー調製のための高速で統合されたワークフロー。

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