ロバストなDNA NGSアッセイ。複数の固形腫瘍がん種にわたって48種類もの遺伝子を解析します。
アッセイ時間
ハンズオンタイム
インプット量
Pillar oncoReveal Solid Tumor v2 Panelは、固形腫瘍由来のDNAに含まれる主要な変異を同時に検出する、48種類の遺伝子を対象としたロバストなアッセイです。非小細胞肺がん（NSCLC）、結腸がん、黒色腫、子宮内膜がん、膵臓がん、消化管間質腫瘍（GIST）、膀胱がん、甲状腺がん、神経膠腫など、幅広い固形腫瘍に対応しており、ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）検体から解析を行います。さらに、POLD1やPOLEなど、免疫腫瘍学の観点から重要性が示唆されている遺伝子についても解析を行います。
このパネルは、FFPE組織から分離されたDNA中の1塩基変異（SNV）および挿入/欠失（indel）を検出するように設計されています。
このアッセイは、効率的に1本のチューブでターゲット濃縮を行うタイル状アンプリコンに基づくライブラリー調製手法である独自のStem Loop Inhibition-Mediated Amplification（SLIMamp）テクノロジーを採用しています。
このワークフローは、社内のNGSラボで実施可能な単一チューブのタイル方式の増幅であるため、サンプルと結果をラボで管理できます。
| アッセイ時間 | 48時間-サンプルからレポートまで |
|---|---|
| がんの種類 | 汎がん (Pan-cancer), 固形腫瘍 |
| コンテンツ仕様 | 48遺伝子 |
| 説明 | Pillar oncoReveal Solid Tumor v2 Panelは、複数の固形腫瘍がん種を対象に48種類の遺伝子を解析する堅牢なDNA NGSアッセイです。 |
| ハンズオンタイム | 約3時間 |
| インプット量 | 20～80 ng DNA |
| システム | MiSeq System, iSeq 100 System, NextSeq 550 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System, NextSeq 550Dx in Research Mode, MiSeq i100システム |
| 作用機序 | タイルアンプリコンを使用したマルチプレックスPCR法 |
| 手法 | ターゲットDNAシーケンス, アンプリコンシーケンス |
| 核酸の種類 | DNA |
| アンプリコン数 | プール1：246アンプリコン |
| 反応数 | 24反応／キット |
| オンターゲットリード | 98% |
| 対応サンプルタイプ | FFPE組織 |
| 生物種カテゴリー | ヒト |
| ターゲットインサートサイズ | 154 bp |
| テクノロジー | シーケンス |
| 均一性 | 98% |
| バリアントクラス | 1塩基変異（SNV）, 挿入 欠失（Indel） |
Pillar oncoReveal Solid Tumor v2 Panelでは、Pillar Index Kit、シーケンス試薬のほか、DRAGEN AmpliconまたはPiVAT二次解析ソフトウェアも使用する必要があります。追加のバリアント解釈が必要な場合は、Illumina Connected Insightsをご使用ください。
Pillar oncoReveal Solid Tumor v2 Panelは、固形腫瘍サンプルから生殖系列およびFFPE DNAのシーケンスを探索する研究者向けに、多数の関心遺伝子領域のNGSベースのターゲットシーケンスをサポートしています。
| Pillar oncoReveal Solid Tumor v2 Panel | TruSight Oncology 500 v2 | Pillar oncoReveal Multi-Cancer CNV + RNA Fusion Panel | Pillar oncoReveal Multi-Cancer RNA Fusion v2 Panel | |
|---|---|---|---|---|
| アッセイ時間 | 48時間-サンプルからレポートまで | サンプルインプットから最終結果まで3～4日 | 48時間-サンプルからレポートまで | 48時間-サンプルからレポートまで |
| がんの種類 | 汎がん (Pan-cancer), 固形腫瘍 | 汎がん (Pan-cancer), 固形腫瘍 | 汎がん (Pan-cancer), 固形腫瘍 | 汎がん (Pan-cancer), 固形腫瘍 |
| コンテンツ仕様 | 48遺伝子 |
523の遺伝子からのDNAおよび55の遺伝子からのRNAのターゲットシーケンス、合計1.94 Mbのパネルサイズ。MSIおよびTMB測定を含みます。 含まれているHRDパネル †には、Myriad Geneticsによる包括的ゲノム不安定性スコア（LOH+TAI+LST）により相同組換え欠損を評価するための、約25,000のSNPが含まれます。 †TruSight Oncology 500 v2は日本では販売されていません |
78遺伝子小型汎腫瘍用腫瘍学パネル | 18個のドライバー遺伝子と83種類の融合パートナー |
| 説明 | Pillar oncoReveal Solid Tumor v2 Panelは、複数の固形腫瘍がん種を対象に48種類の遺伝子を解析する堅牢なDNA NGSアッセイです。 | FFPE組織のDNAとRNAを使用して、固形腫瘍の包括的なゲノムプロファイリングを可能にします。1つのサンプルからバリアント検出とバイオマーカー評価を行い、幅広い腫瘍特性を解析します。 | DNAおよびRNAのコンテンツ、シンプルなシングルチューブワークフローを備えた78遺伝子アンプリコンベースのパネル | FFPE組織から18個のドライバー遺伝子と83種類の融合パートナーを解析するRNA融合パネル |
| ハンズオンタイム | 約3時間 |
~3.25 hrs for automated workflow ~5-7 hrs for manual workflow |
約3時間 | 約3時間 |
| インプット量 | 20～80 ng DNA | 30 ng DNA (as low as 10 ng), 40 ng RNA (as low as 20 ng) | 5～80 ng DNA、10～50 ng RNA | 10～50 ng RNA |
| システム | MiSeq System, iSeq 100 System, NextSeq 550 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System, NextSeq 550Dx in Research Mode, MiSeq i100システム | NextSeq 550 System, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NextSeq 550Dx in Research Mode, NovaSeq X System, NovaSeq 6000Dx システム研究（RUO）モード, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System | MiSeq System, NextSeq 550 System, MiSeqDx in Research Mode, NextSeq 550Dx in Research Mode, MiSeq i100システム, MiSeq i100 Plusシステム | MiSeq System, iSeq 100 System, NextSeq 550 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System, NextSeq 550Dx in Research Mode, MiSeq i100システム |
| 作用機序 | タイルアンプリコンを使用したマルチプレックスPCR法 | タイルアンプリコンを使用したマルチプレックスPCR法 | ||
| 手法 | ターゲットDNAシーケンス, アンプリコンシーケンス | ターゲットDNAシーケンス, ターゲットRNAシーケンス, ターゲット濃縮 | ターゲットDNAシーケンス, アンプリコンシーケンス, ターゲットRNAシーケンス | アンプリコンシーケンス, ターゲットRNAシーケンス |
| 核酸の種類 | DNA | DNA, RNA | DNA, RNA | RNA |
| アンプリコン数 | プール1：246アンプリコン | プール1（DNA）：341アンプリコン。プール2（RNA）：>80アンプリコン＋METエクソン14スキッピング | プール1：83アンプリコン | |
| 反応数 | 24反応／キット | 24 DNA/24 RNA | 24反応／キット | |
| オンターゲットリード | 98% | 99.5% ± 0.1% | ||
| 対応サンプルタイプ | FFPE組織 | FFPE組織 | 血液, 少量インプットサンプル, FFPE組織 | FFPE組織 |
| 生物種カテゴリー | ヒト | ヒト | ヒト | ヒト |
| ターゲットインサートサイズ | 154 bp | 平均：120 bp（範囲：86～185 bp） | 120 bp | |
| テクノロジー | シーケンス | シーケンス | シーケンス | シーケンス |
| 均一性 | 98% | 98.2% ± 0.7% | ||
| バリアントクラス | 1塩基変異（SNV）, 挿入 欠失（Indel） | 融合遺伝子, ヘテロ接合性欠失（LOH）, 体細胞バリアント, 転写産物バリアント, 1塩基変異（SNV）, 挿入 欠失（Indel）, コピー数バリアント（CNV）, Tumor mutational burden (TMB), Genomic instability score (GIS), Microsatellite instability (MSI), 新規点転写産物, 1塩基変異多型（SNP）, 構造バリアント | 融合遺伝子, 体細胞バリアント, 1塩基変異（SNV）, 挿入 欠失（Indel）, コピー数バリアント（CNV） | 融合遺伝子 |
ニーズに応じたシーケンスライブラリー調製キットまたはマイクロアレイを見つけてください。手法、生物種などでフィルタリングします。キットを比較、共有、注文します。
遺伝子リスト
Pillar oncoReveal Solid Tumor v2 Panelには48の遺伝子が含まれています。
パネル仕様
Pillar oncoReveal Solid Tumor v2 PanelのFFPE組織から分離したDNAの解析に関する仕様。
OncoReveal Solid Tumor Panel v2 24 Rxn
HDA-CH-3003-24
SLIMamp™ワークフローを使用した48遺伝子（24サンプル）の固形腫瘍DNAパネル
List Price:
Discounts:
Pillar Index Kit A (32 reactions)
IDX-PI-1001-96
インデックスPI501-8、PI701-4（32の組み合わせ、96反応）
List Price:
Discounts:
Pillar Index Kit D (96 reactions)
IDX-PI-1004-192
キットD、インデックスPI501-8、PI701-12
List Price:
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操作の簡素化、高度なケミストリー、オンボードインフォマティクスにより、使いやすく、高速で、幅広いアプリケーションをサポートする柔軟性の高い装置を提供します。
MiSeq i100シリーズ用試薬は、使いやすいカートリッジと、柔軟なシーケンス オプションを実現する複数のフロー セル構成を備えています。
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複数の固形がん種に対応し、FFPE組織から83種類のRNA融合遺伝子を解析するターゲットパネルです。
MPL、JAK2、CALR遺伝子の主要な変異をターゲットにしたロバストなアッセイです。シングルチューブのSLIMampワークフローを使用してライブラリー調製にかかる時間とターンアラウンドタイムを短縮します。
シングルチューブのSLIMampワークフローを利用したターゲットBRCA1/2遺伝子パネルにより、ライブラリー調製とターンアラウンドタイムが短縮されます。
DNAとRNAのコンテンツを組み合わせた腫瘍横断型パネルで、シングルチューブのSLIMampワークフローを利用し、ライブラリー調製とターンアラウンドタイムを高速化します。
DNAコンテンツを組み合わせた58遺伝子の腫瘍横断型パネルです。シングルチューブSLIMampワークフローを使用して、ライブラリー調製とターンアラウンドタイムを高速化します。
FFPE組織から、すべての主要バリアントクラスに加え、重要なバイオマーカー（TMB、MSI、HRD）を網羅する大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現します。
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