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TruSeq Custom Amplicon Low Input ライブラリー調製キットは、少量インプットおよびホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織のDNAサンプルでも高精度で詳細な結果が得られる拡張性のあるアンプリコンシーケンスソリューションです。この製品は以下を特長としています：
TruSeq Custom Amplicon Low Input Library Prep Kitは、わずか10 ngのゲノムDNA（gDNA）からスタートでき、ターゲットリシーケンス用の完全なカスタマイズが可能なアンプリコンベースのアッセイです。この拡張性あるアッセイにより、1回の反応で、対象となる複数のターゲットを同時にキャプチャーして、1つのプールで最大1536のアンプリコンをシーケンスすることが可能です。このライブラリー調製キットには、保存腫瘍組織などのFFPEサンプルに対応できる柔軟性があります。
カバレッジを最適化できる操作が簡単な無料オンラインツールDesignStudioを使ってターゲットTruSeq Custom Ampliconオリゴヌクレオチドプローブをデザインできます。
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TruSeq FFPE DNAライブラリー調製QCキットは、qPCR反応を使ってDNA品質を評価し、シーケンスパラメーターに関する情報を提供します。このステップでは、確実に必要なシーケンスパラメーターを満たすサンプルのみが調製されるため、クオリティの低いサンプルや分解が進んだサンプルを使用することによるリソースの無駄を抑えることができます。このQCステップで得られた結果を基に、インプットDNAが確定します。TruSeq FFPE DNAライブラリー調製QCキットをTruSeq Custom Amplicon Low Input Library Prep Kitと併用することで、ラボの予算を最大限に有効利用することができます。
FFPEアンプリコンの場合、FFPEサンプルのDNAは分解が進んでいるため、150 bpまたは175 bpのアンプリコンでプロジェクトをデザインすることをご提案します。TruSeq Custom Amplicon Low Inputは、425 bpアンプリコンが必要なアプリケーションでは使用できません。
TruSeq Custom Amplicon Low Inputライブラリー調製は、ヒト、マウス、ラット、およびウシのサンプルに対応しています。DesignStudioのデザインアルゴリズムは、トウモロコシ、イネ、ブタ、イヌ、ダイズ、ニワトリ、およびヒツジでも使用できますが、その場合のアッセイについては検証されていないため、アッセイ性能は保証されません。また、イルミナコンシェルジュサービスではカスタムアッセイのデザインや目的の生物種に合わせたアッセイ最適化のサポートをご提供しています。
Dr. Robert Daber uses TruSeq Custom Amplicon to conduct genomic testing that can inform prognosis and therapeutic choices.
Learn MoreNovel GT-Seq method using the HiSeq System reduces genotyping costs and enables analysis of tens of thousands of fish.
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The TruSeq Custom Amplicon assay is a simple and streamlined method for capturing and amplifying targeted regions of interest.
The TruSeq Custom Amplicon Low Input Library Prep Kit is part of an integrated, fully supported workflow for amplicon sequencing that guides researchers from design through data analysis. Illumina technical and field specialists help ensure rapid resolution and minimize potential laboratory downtime.
The TruSeq Custom Amplicon Low Input Library Prep Kit demonstrates high concordance between expected and observed variant frequencies for 10 ng high-quality FFPE DNA. Reference DNA samples were prepared following the TruSeq Custom Amplicon Low Input workflow with the TruSeq Amplicon - Cancer Panel primer pool, and sequenced on the MiSeq System in replicates of 4. Variants were called using MiSeq Reporter Software. R2 values are shown.
| Technology | TruSeq Custom Amplicon Low Input | TruSeq Custom Amplicon v1.5 |
|---|---|---|
| Amplicon plexity (single pool) | Up to 1536 | Up to 10,000 (via Concierge) |
| Input requirement | as low as 10 ng | 50 ng |
| FFPE Compatibility | Yes – 10 ng (FFPE DNA input dependent on quality) | Yes – 250 ng |
| Amplicon size | 150, 175, 250 bp | 150, 175, 250, 425 bp |
| Instrument | MiniSeq, MiSeq, NextSeq | MiniSeq, MiSeq, NextSeq |
| Read Length | Up to 2 x 150 bp | Up to 2 x 300 bp |
| Time | 6.5 hours | 10 hours |
| Kit size (samples) | 16, 96+ | 96+ |
Two amplicon-based options for targeted sequencing are now available: TruSeq Custom Amplicon Low Input for low-input DNA and FFPE, or TruSeq Custom Amplicon 1.5 for very high plexity pools or longer amplicons.
TruSeq Custom Amplicon Low Input enables you to detect and discover high-quality information, even from limited and challenging samples. Use the table to compare assays
TruSeq Custom Amplicon Low Input
Data Sheet | PDF < 1 MB
このターゲットリシーケンスソリューションは、ゲノム上の重要な関心領域にフォーカスし、非常に多いプレックスプール数や、長いアンプリコンに有用です。
少量のDNAインプットで、小さなゲノム、PCRアンプリコン、およびプラスミドのシーケンスライブラリーを90分以内で調製できます。
