TruSeq Custom Amplicon v1.5 has been discontinued. The AmpliSeq for Illumina Custom DNA Panel is the recommended replacement.

TruSeq Custom Amplicon v1.5 (discontinued)

このターゲットリシーケンスソリューションは、ゲノム上の重要な関心領域にフォーカスし、非常に多いプレックスプール数や、長いアンプリコンに有用です。Read More...

TruSeq Custom Amplicon is a fully customizable, amplicon-based assay for targeted resequencing. The assay enables you to focus interrogation on key regions of genomic interest. Up to 1536 amplicons can be sequenced in a single reaction using a simple workflow. This highly targeted approach enables researchers to efficiently discover, validate, and screen genetic variants.

Product Highlights

TruSeq Custom Ampliconは、ターゲットリシーケンスのための完全なカスタマイズが可能なアンプリコンベースのアッセイです。このアッセイでは、ゲノム上の重要な目的領域にフォーカスして調べることが可能です。シンプルなワークフローを使って1回の反応で最大1,536アンプリコンをシーケンスすることが可能です。ターゲット領域を高度に絞ることが可能なこの手法は、研究においてフォーカスしている領域において遺伝子変異の発見、検証、およびスクリーニングを卓越した効率で行うことができます。

ゲノムDNA(gDNA)のインプット量はわずか50 ngであるため、多様なサンプルに使うことができます。1回の反応で最大1,536のアンプリコンをマルチプレックスすることが可能なため、合計で650 kbまでの領域をカバーできます。さらに、デュアルインデックスは1回のランあたり最大96サンプルの同時処理に対応しているため、デスクトップ型シーケンサーの処理能力を最大限に活用することができます。

このアッセイでは、解析の難しいGCリッチ領域における性能が改善されており、さらにライブラリー収量、均一性、および安定性が向上しています。さらに、最適化された増幅ステップでは、サンプルのインプット量を150 ngから50 ngに減量することが可能です。

シンプルになったプローブデザイン

カバレッジを最適化できる使いやすい無料のオンラインツールDesignStudioを使ってターゲットとなるTruSeq Custom Ampliconオリゴヌクレオチドプローブをデザインできます。

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シンプルなデータ解析

TruSeq Amplicon BaseSpace Appを使ってデータ解析を自動化することにより、複数のランで検出された変異などを1つのプロジェクトデータにまとめて簡単に確認することができます。

対応生物種

TruSeq Custom Ampliconは、ヒト、マウス、ラット、およびウシのサンプルに対応しています。DesignStudioのデザインアルゴリズムは、トウモロコシ、イネ、ブタ、イヌ、ダイズ、ニワトリ、およびヒツジでも使用できますが、その場合のアッセイについては検証されていないため、アッセイ性能は保証されません。また、イルミナコンシェルジュサービスではカスタムアッセイのデザインや特定の生物種に合わせたアッセイ最適化のサポートをご提供しています。

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Frequently Purchased Together

仕様

製品比較

TruSeq Custom Amplicon v1.5 (discontinued) AmpliSeq for Illumina Custom DNA Panel AmpliSeq for Illumina On-Demand
Assay Time ~8 hours As low as 5 hours (library prep only; doesn't include library quantification, normalization, or pooling time) As low as 5 hours (library prep only; doesn't include library quantification, normalization, or pooling time)
Content Specifications Design custom probes to sequence genomic regions of interest. Content range: 4 – 650 kb Custom content from 1 (24 amplicons) to 500 (15,000 amplicons) genes
Hands-On Time ~4 hours 1.5 hrs
Input Quantity 50 – 250 ng high-quality genomic DNA; 250 ng FFPE DNA 1–100 ng (10 ng recommended per pool), 1–100 ng (10 ng recommended per pool) 1-100 ng DNA
Mechanism of Action Probe hybridization, extension-ligation, and PCR Multiplex PCR
Method Amplicon Sequencing , Custom Sequencing Amplicon Sequencing , Custom Sequencing, Targeted DNA Sequencing , Targeted RNA Sequencing Amplicon Sequencing , Targeted DNA Sequencing
Multiplexing 1–96 Up to 96-plex
Specialized Sample Types FFPE Tissue Blood, FFPE Tissue FFPE Tissue
Species Category Bovine, Human, Mouse, Other, Rat Any Species, Bovine, Canine, Chicken, Hamster, Human, Maize, Mouse, Ovine, Porcine, Rice, Soybean, Tomato Human

Method-Specific Workflow Example

 

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Supporting Data and Figures

 
Comparison of TruSeq Custom Amplicon Kits
Technology TruSeq Custom Amplicon v1.5 TruSeq Custom Amplicon Low Input
Amplicon plexity (single pool) Up to 10,000 (via Concierge) Up to 1536
Input requirement 50 ng as low as 10 ng
FFPE Compatibility Yes – 250 ng Yes – 10 ng (FFPE DNA input dependent on quality)
Amplicon size 150, 175, 250, 425 bp 150, 175, 250 bp
Instrument MiniSeq, MiSeq, NextSeq MiniSeq, MiSeq, NextSeq
Read Length Up to 2 x 300 bp Up to 2 x 150 bp
Time 10 hours 6.5 hours
Kit size (samples) 96+ 16, 96+

Two TruSeq Custom Amplicon options for targeted sequencing are available: TruSeq Custom Amplicon Low Input for low-input DNA and FFPE, or TruSeq Custom Amplicon 1.5 for very high plexity pools or longer amplicons. TruSeq Custom Amplicon Low Input enables you to detect and discover high-quality information, even from limited and challenging samples. Use the table to compare assays.

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