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Illumina 5-Base DNA Prep

単一アッセイで5塩基ゲノム（A、T、G、C、および5mC）を包括的に探索し、全ゲノムおよびメチロームの2つの洞察を提供します。

3日以内にDNAからデータの洞察へ ライブラリー調製時間* 約8時間 gDNA、約6時間 セルフリーDNA * 24サンプルの手動処理に基づきます。これにはDNA断片化（該当する場合）とライブラリー定量の時間が含まれます。ノーマライゼーションとプーリングの時間は含まれていません。

アッセイ時間

1～20 ngのセルフリーDNA 50〜100 ng ゲノムDNA

インプット量

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概要

Illumina 5-Base DNA Prepは、ゲノム全体のゲノムバリアントとメチル化イベントを同時に 探索します。使いやすく費用対効果の高いマルチオミクスアッセイにより、あらゆるシーケンスリードから最大限の洞察が得られます。

  • 単一サンプル、ライブラリー調製、シーケンスラン、解析ワークフローから、5-メチルシトシン（5mC）とDNAバリアントをデュアル検出

     

  • 簡単なワークフローと統合解析による一石二鳥のアッセイ

  • 効率的な1日でのライブラリー調製

  • 最適化されたライブラリー調製、新規塩基変換、イルミナシーケンス、高度な解析手法により、高品質のデータを実現

  • 費用対効果の高い全ゲノムマルチオミクス探索

  • DRAGEN Germline、体細胞パイプライン、およびIllumina Connected Multiomicsによる統合解析

シンプルで迅速なワークフロー

サンプルから結果まで3日未満で、ライブラリー調製は1日未満で完了します。5塩基のDRAGENパイプラインを使用して効率化された二次解析により、30倍のゲノムのデュアルリードアウトを1時間未満で実現します。

正確で再現性のあるデュアル検出

革新的な5mCからT塩基への変換と高度な解析アルゴリズムにより、DNA配列の複雑さを維持しながら高いアライメント率を実現します。

1つのワークフローで2つの洞察

高い解像度と精度によりメチル化とゲノムバリアントの両方を同時に検出します。

イルミナ5塩基ソリューションについての詳細はこちらから

仕様

アッセイ時間 3日以内にDNAからデータの洞察へ
ライブラリー調製時間* 約8時間 gDNA、約6時間 セルフリーDNA
* 24サンプルの手動処理に基づきます。これにはDNA断片化（該当する場合）とライブラリー定量の時間が含まれます。ノーマライゼーションとプーリングの時間は含まれていません。
自動化機能 Liquid handling robot(s)
自動化の詳細 自動化プロトコールは開発中であり、利用可能になり次第、 自動化ページに追加されます。
説明 ゲノム全体にわたるゲノムバリアントとメチル化イベントの包括的なマルチオミクス検出のための単一の合理化されたアッセイ。高品質のデータにより、新しい酵素法と最適化された解析によって可能になった、同一のシーケンスリードから5塩基の洞察が得られます。  
インプット量 1～20 ngのセルフリーDNA
50〜100 ng ゲノムDNA
システム NovaSeq Xシステム, NovaSeq 6000Dx システム研究（RUO）モード, NovaSeq 6000システム, NovaSeq X Plusシステム
作用機序 5-メチルシトシンからチミンへの酵素変換、アダプターとインデックスのライゲーションベースの追加、ゲノムDNAの機械的断片化
手法 メチル化シーケンス, 全ゲノムシーケンス
マルチプレックス 最大384プレックス
核酸の種類 DNA
対応サンプルタイプ 血中循環腫瘍DNA, 血液, 少量インプットサンプル, セルフリーDNA
生物種カテゴリー Any species, ヒト
生物種詳細 イルミナ5塩基解析ソフトウェアでは、対象種の解析のためのカスタムリファレンスが可能です。
ユーザーはカスタムリファレンスゲノムをアップロードして、イルミナ5塩基アッセイ/解析を実行できます。一部の種は試験済みではなく、仕様はヒトサンプルにのみ適用可能です。
ターゲットインサートサイズ 450 bp（gDNA） 
バリアントクラス 体細胞バリアント, 差異的メチル化シトシン, 生殖細胞系列バリアント, 1塩基変異（SNV）, 挿入 欠失（Indel）, コピー数バリアント（CNV）

必要な製品

Illumina 5-Base DNA Prepでは、DRAGEN Secondary Analysisを使用する必要があります。DRAGEN解析には、ローカルDRAGENサーバー、Illumina Connected AnalyticsまたはBaseSpace Sequence Hubクラウドを介してアクセスできます。Illumina Connected Multiomicsは、メチル化、クラスター、生物学的解釈の異なるデータの探索および視覚化に利用できます。インデックスアダプターはイルミナで別途販売しています。

/ 件

アプリケーション

Illumina 5-Base DNA Prepは、単一のコスト効率の高いアッセイで、DNAバリアントとメチル化イベントの両方の高解像度の全ゲノム検出を実現しながら、あらゆるシーケンスリードからのライブラリー調製の効率化、統合解析、デュアルオミクス洞察のカスタマイズを可能にします。

ワークフローの例

1
ライブラリー調製

Illumina 5-Base DNA Prep

2
シーケンス
3
解析

プロジェクトの推奨事項

装置 推奨サンプル数 リード長
NovaSeq Xシステム

フローセルあたりのサンプル数：10B：18、25B：48（500Mペアエンドリード、35倍カバレッジ）

2 × 151 bp
NovaSeq 6000システム

フローセルあたりのサンプル数：S4: 18（500Mペアエンドリード、35x カバレッジ）

2 × 151 bp
NovaSeq 6000Dx システム研究（RUO）モード

 フローセルあたりのサンプル数：S4: 18（500Mペアエンドリード、35x カバレッジ）

 2 × 151 bp

関連するアプリケーションと手法

ゲノムおよびメチロームのシーケンス

イルミナの5塩基ゲノムソリューションにより、1回のリードアウトで高精度ゲノムとメチロームの同時発見を実現します。

がんエピジェネティクス

がんにおけるメチル化パターンやその他のエピジェネティックな変化を解析するための、次世代シーケンサーとマイクロアレイの利点を探る。

エピゲノミクス

イルミナは、エピジェネティックな解析のためのソリューションを提供します。ツールを使用し、 エピジェネティックな修飾と遺伝子制御に対するその影響を研究します。

ドキュメント

製品資料
  • チラシ PDF < 1 MB
    3 バージョン
  • チラシ PDF 2 MB
    2 バージョン
  • パンフレット PDF 5 MB
    3 バージョン
  • テクニカルノート PDF 10 MB
    2 バージョン
サポートドキュメント

製品比較

Illumina 5-Base DNA Prep Infinium MethylationEPIC v2.0 Kit Illumina DNA Prep Illumina DNA PCR-Free Prep
アッセイ時間 3日以内にDNAからデータの洞察へ
ライブラリー調製時間* 約8時間 gDNA、約6時間 セルフリーDNA
* 24サンプルの手動処理に基づきます。これにはDNA断片化（該当する場合）とライブラリー定量の時間が含まれます。ノーマライゼーションとプーリングの時間は含まれていません。 		約3～4時間（DNA抽出からライブラリーのノーマライズまで） 約1.5時間
自動化機能 Liquid handling robot(s) 自動化アレイローダー Liquid handling robot(s) Liquid handling robot(s)
自動化の詳細 自動化プロトコールは開発中であり、利用可能になり次第、 自動化ページに追加されます。 利用可能な自動化方法を見る 利用可能な自動化方法を見る
説明 ゲノム全体にわたるゲノムバリアントとメチル化イベントの包括的なマルチオミクス検出のための単一の合理化されたアッセイ。高品質のデータにより、新しい酵素法と最適化された解析によって可能になった、同一のシーケンスリードから5塩基の洞察が得られます。   Infinium MethylationEPIC v2.0 BeadChipは、ゲノムワイドなメチル化解析ツールであり、その機能コンテンツは強化され、専門家により選択されています。本キットはiScanまたはNextSeq 550システムで処理され、サンプルプーリングやインデックス作成を必要としない、シンプルで使いやすいワークフローに従います。 さまざまなサンプルタイプとDNAインプット量に対応する迅速で柔軟なライブラリー調製ワークフローにより、ヒトから微生物の全ゲノムシーケンスまで、幅広いアプリケーションにアクセスできます。  PCRフリーケミストリーとオンビーズタグメンテーションのユニークな組み合わせを使用して、高感度アプリケーション用のシーケンスライブラリーを調製します。これにより、PCRによるバイアスを排除すると同時に、ライブラリー調製の合計時間が90分に短縮されます。
インプット量 1～20 ngのセルフリーDNA
50〜100 ng ゲノムDNA 		250 ng DNA 小さなゲノム（微生物など）の場合はDNA 1～500 ng、大きなゲノム（ヒトなど）の場合はDNA 100～500 ng。（血液および唾液については、リファレンスガイドを参照してください）。 25 ng～300 ng
システム NovaSeq Xシステム, NovaSeq 6000Dx システム研究（RUO）モード, NovaSeq 6000システム, NovaSeq X Plusシステム NextSeq 550システム, NextSeq 550Dx システム研究（RUO）モード, iScan MiSeqシステム, iSeq 100システム, NextSeq 550システム, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, MiSeqDx システム研究（RUO）モード, MiniSeqシステム, NextSeq 550Dx システム研究（RUO）モード, NovaSeq Xシステム, NovaSeq 6000システム, NovaSeq X Plusシステム, MiSeq i100システム, MiSeq i100 Plusシステム MiSeqシステム, NextSeq 550システム, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, MiSeqDx システム研究（RUO）モード, NextSeq 550Dx システム研究（RUO）モード, NovaSeq Xシステム, NextSeq 500 System, NovaSeq 6000システム, NovaSeq X Plusシステム
作用機序 5-メチルシトシンからチミンへの酵素変換、アダプターとインデックスのライゲーションベースの追加、ゲノムDNAの機械的断片化 ビーズ結合トランスポソーム ビーズ結合トランスポソーム
手法 メチル化シーケンス, 全ゲノムシーケンス メチル化アレイ アンプリコンシーケンス, 全ゲノムシーケンス, de novoシーケンス, ショットガンシーケンス 全ゲノムシーケンス, de novoシーケンス
マルチプレックス 最大384プレックス 最大384のユニークデュアル（UD）の組み合わせと96のコンビナトリアルデュアル（CD）の組み合わせ 最大384プレックス
核酸の種類 DNA DNA DNA DNA
対応サンプルタイプ 血中循環腫瘍DNA, 血液, 少量インプットサンプル, セルフリーDNA 血液, FFPE組織 血液, FFPE非対応, 唾液 血液, FFPE非対応, 少量インプットサンプル, 唾液
生物種カテゴリー Any species, ヒト ヒト ショウジョウバエ, Any species, 哺乳類, マウス, 酵母, ゼブラフィッシュ, ヒト, ラット, 植物, ウイルス, 線形動物, 細菌 Any species, ヒト
生物種詳細 イルミナ5塩基解析ソフトウェアでは、対象種の解析のためのカスタムリファレンスが可能です。
ユーザーはカスタムリファレンスゲノムをアップロードして、イルミナ5塩基アッセイ/解析を実行できます。一部の種は試験済みではなく、仕様はヒトサンプルにのみ適用可能です。 		任意の種に対応
ターゲットインサートサイズ 450 bp（gDNA）  ～350 bp 450 bp +/- 75 bp
バリアントクラス 体細胞バリアント, 差異的メチル化シトシン, 生殖細胞系列バリアント, 1塩基変異（SNV）, 挿入 欠失（Indel）, コピー数バリアント（CNV） 差異的メチル化シトシン 1塩基変異多型（SNP）, 融合遺伝子, ヘテロ接合性欠失（LOH）, 体細胞バリアント, 染色体変異, 生殖細胞系列バリアント, 構造バリアント, 挿入 欠失（Indel）, コピー数バリアント（CNV） ショートタンデムリピート（STR）, 1塩基変異多型（SNP）, 体細胞バリアント, 染色体変異, 生殖細胞系列バリアント, 構造バリアント, 挿入 欠失（Indel）, コピー数バリアント（CNV）

選択ツール：

ライブラリー調製とアレイキットセレクター

ニーズに応じたシーケンスライブラリー調製キットまたはマイクロアレイを見つけてください。手法、生物種などでフィルタリングします。キットを比較、共有、注文します。

図

Illumina 5-Base DNA Prepによる卓越したシーケンス性能

Illumina 5-Base DNA Prepを使用して、(A) シトシン-グアニンジヌクレオチド（CpG）の高いカバレッジ、(B) 幅広いGC含量で均一なカバレッジを実現します。インプット量は、健康なドナーからのcfDNAで1～20ng、ヒトリファレンスサンプルNA12878からのgDNAで50～100ngです。

Illumina 5-Base DNA Prepを使用した高い収量とアライメント率

Illumina 5-Base DNA Prepを使用した健康なドナーからのcfDNAインプット1～20ngおよびヒトリファレンスサンプルNA12878からのgDNAインプット50～100ngに対する(A) ライブラリー収量および（B）アライメント率（マップリードの割合）。 

Illumina 5-Base DNA Prepによるメチル化変換と検出

(A) すべてのCpGアイランド領域で再現性のあるメチル化検出。低分子ゲノムコントロール標準添加（B）メチル化pUCおよび（C）非メチル化ラムダで測定される高度選択的5mC変換。インプット量は、健康なドナーからのcfDNAで1～20ng、ヒトリファレンスサンプルNA12878からのgDNAで50～100ngです。 

Illumina 5-Base DNA Prepによる高精度生殖細胞系列バリアントコーリング

Illumina 5-Base DNA Prepを使用したヒトリファレンスサンプルNA12878からのgDNAインプット50～100ngに対する（A）1塩基変異（SNV）および（B）挿入-欠失（Indel）生殖細胞系列バリアントコーリング。（C）Genome in A BottleのサンプルHG002からのバリアントサイズごとの生殖系列CNVコーリングの精度。

Illumina 5-Base DNA Prepの利点

従来のメチル化シーケンス手法 イルミナ5塩基ソリューション

課題

利点
  • 限られたマッピング効率
  • 低いバリアント検出精度
  • 化学変換によるDNAa損傷
  • マルチステップ変換
  • 高いマッピング効率
  • 高精度のバリアント検出
  • DNAを損傷しない酵素変換
  • シングルステップ変換

リソース

動画資料

サムネール

イルミナ5塩基ソリューション：包括的ワークフローガイド

DRAGEN 5塩基パイプラインによる高精度デュアルオミクスデータの利点をご確認されたうえで、導入の成功に必要な試薬、機器、およびユーザーが用意する消耗品に関する洞察を得てください。

サムネール

イルミナ5塩基ソリューションを用いたDNAおよびメチル化の解読

イルミナの副社長兼アッセイ研究開発責任者のFiona Kaperが、革新的5塩基ソリューションによるマルチオミクス解析の簡素化と拡張について語ります。イルミナの5塩基ケミストリーが、1回のアッセイでゲノムとエピゲノムの2つの洞察を可能にし、いかに卓越した精度、簡素性、およびスケールで遺伝子バリアントとDNAメチル化のデータを提供するかをご覧ください。

その他のリソース

イルミナ5塩基ソリューションの紹介

メチル化プロファイリングと高精度の遺伝子バリアントコーリングを同時に行うための、効率化されたエンドツーエンドのNGSライブラリー調製および解析ワークフロー。

小児がんにおけるメチル化シグネチャーとバリアントの検証

新しいイルミナ5塩基ソリューションは、化学変換および酵素変換に関連する限界点を打ち破ります

イルミナの5塩基シーケンシングは、複雑な中枢神経系がんや、希少で未診断の遺伝性疾患を解明します

このポスターでは、イルミナの5塩基シーケンシングが、1つの合理化されたワークフローからゲノムバリアントとDNAメチル化の同時検出をどのように可能にするか解説します。これにより、このデュアルオミクスアプローチのパワーを発揮して、複雑な中枢神経系腫瘍や希少または未診断の遺伝性疾患をさらに高い精度と効率性で解明します。

Illumina 5-Base DNA PrepのFFPEサンプル互換性の実証

FFPEサンプルにおける統合メチル化とバリアント解析を行うイルミナ5塩基シーケンスの評価と、腫瘍情報を踏まえたMRDアプリケーションの可能性。

ライブラリー調製 (2)

Illumina® 5-Base DNA Prep (24 Samples)

20140364

24のライブラリーを手動で調製するためのライブラリー調製およびメチル化検出試薬が含まれます。Illumina Connected AnalyticsまたはBaseSpace Sequence Hub上のDRAGENアプリ、またはDRAGEN Serverによるオンプレミスで、クラウド上のデータを解析します。Illumina Connected Multiomics（オプション）を使用してデータの視覚化を実行します。インデックスは別売りです。

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Illumina 5-Base DNA Prep with NovaSeqX 25B (48 Samples)

20150505

Includes library prep and methylation detection reagents for preparing 48 libraries. Includes one NovaSeqX 25B reagent kits (300 cycle).Analyze data on the cloud using DRAGEN apps on Illumina Connected Analytics or BaseSpace Sequence Hub or on premise with DRAGEN Server. Perform data visualization using Illumina connected Multiomics (option). Purchase indexes separately.

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インデックスアダプター (5)

Illumina Unique Dual Indexes, LT (48 indexes, 48 samples)

20098166

Illumina® Unique Dual Indexes, LT（48インデックス、48サンプル）

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091654

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルの標識に十分な96、10 bpインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091656

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルの標識に十分な96、10 bpインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091658

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルの標識に十分な96、10 bpインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091660

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルの標識に十分な96、10 bpインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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よくある質問（FAQ）

Illumina 5-Base DNA Prepは、5mCをTに変換するワンステップの酵素プロセスを使用して、従来のバイサルファイト処理よりも高いヌクレオチド多様性をもたらします。この強化された多様性と、最適化されたライゲーションベースのライブラリー調製および専門的な解析手法を組み合わせることで、1回のアッセイで5mCとゲノムバリアントの両方を効果的に検出できます。

Illumina 5-Base DNA Prepは、シンプルでスケーラブルかつ安価な1回のワークフローで、包括的メチル化プロファイリングとバリアント検出が可能になるため、全ゲノム探索に最適です。

メチル化に焦点を絞ったアプリケーションでは、イルミナ5塩基ソリューションはマッピング効率が高く、ランあたりのCpGカバレッジが大きいため、標準的なメチル化アッセイよりも少ないシーケンスしか必要としません。

DRAGEN Secondary Analysisでは、革新的な5塩基アルゴリズムを使用して、単一のデータセットからゲノムとメチロームの両方の正確なアノテーションを提供します。簡単なチェックボックスオプションで、DRAGEN Germlineおよび体細胞パイプライン内のメチル化レポート作成機能が有効になります。 Illumina Connected Multiomicsは、DRAGEN Secondary Analysisから出力ファイルを直接インポートし、業界で実証された統計解析手法と視覚化ツールによって簡単なデータ探索とより深い洞察を可能にします。

/ 件

NovaSeq Xシリーズのご購入

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、卓越したシーケンシング速度とデータ品質、優れたスループットとスケーラビリティをお届けします。

NovaSeq X Series Reagent Kits

NovaSeq Xシリーズ用試薬キットには、試薬カートリッジ、バッファーカートリッジ、フローセル、Lyo インサート、プレロードバッファー、ライブラリーチューブストリップが含まれます。

DRAGENのご購入

Illumina DRAGENアプリとパイプラインで、ゲノムの洞察を最大化します。最新情報、よくある質問、製品サポートをご覧ください。

Illumina Connected Multiomics

Illumina Connected Multiomicsは、マルチオミクスデータ解析と大規模な視覚化を可能にする、強力で直感的なクラウドベースのソリューションです。

Illumina 5-Base DNA Prep with Enrichment

5つのDNA塩基（A、T、G、C、および5mC）のターゲット検出のための単一アッセイで、ゲノムバリアントとメチル化イベントの2つの洞察が得られます。

Infinium MethylationEPIC v2.0 Kit

広範囲のCpGアイランド、遺伝子、エンハンサーをカバーするロバストなメチル化プロファイルマイクロアレイ。遺伝性疾患や希少疾患の研究、がん研究、分類に最適です。

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